电影《特混舰队在行动》讲述在某舰队的训练场上，两栖侦察兵正在进行激烈的格斗训练。雪亮的匕首在空中划过，伴随着阵阵杀声，吸引了舰队子弟学校的三个男孩的注意。董海星率先行动，试图窃取匕首，却被一名海军军官抓了个正着。第二天，新来的辅导员梁驰涛向五年级二班的学生介绍自己，让董海星惊讶地认出他是之前的“仇敌”。晚上，熄灯号响过后，五(2)班的男生宿舍灯火通明，一场虚拟的“海战”正在激烈展开。梁驰涛出现在“战场”上，严厉指责违纪的学生们，特别是董海星，引发了更多的不满情绪。董海星、谢潜和金宝贝是“特混舰队”中的领袖，三个自封为“将军”的男孩在一次偶然的情况下听到了鲨鱼礁附近奇异的声音。他们决定展开一场名为“鲨鱼行动”的探险，最终发现那声音是一艘沉船发出的。在这过程中，白老师没收了董海星的录音机，梁驰涛了解情况后还给了他，这个举动让“小将军”们对辅导员有了新的看法，仇恨逐渐淡化。这个故事展现了年轻学子间的友情和成长，同时也传达了团队合作和尊重他人的重要性。剧情扣人心弦，带领观众探索未知，同时呈现出青少年在磨砺中逐渐成长的过程。