电影《大二神捕3》讲述百户申屠培赴白山县执行任务，在途中击杀了一个名为天鼠的目标。此时他听闻丁白尚活，县衙的师爷持来通缉令，悬赏丁白的父亲。为了躲避追捕，兄弟俩带着丁白试图逃跑，却与申屠培相遇，酿成激烈冲突。丁白在战斗中受了伤，最终双方在误打误撞中杀了申屠培，然而揭开真相后才发现丁白其实是女扮男装。此后，兄弟二人带着丁白投靠了铁叔，丁白在此遇到了县衙捕快天宝，更多秘密随之被揭露。随着各方势力逐渐汇聚到县衙，隐藏多年的历史真相浮现，原来何氏兄弟的父亲乃东林党忠诚被奸人所害，托孤于铁叔。最终，幕后的操控者显露身份，错综复杂的局面也迎来了高潮与落幕。这部影片通过男主角的身份暴露和家族秘密的揭示，成功构建了悬疑与紧张并存的气氛。故事不仅引人入胜，还深刻反映了权力、信任与背叛的主题，让观众在享受刺激的同时也对历史进行思考。角色们的命运交织在一起，既令人揪心又让人唏嘘，结尾更是给人以深刻的余韵。