电影《秘密图纸1965》讲述在火车站的月台上，李化（李力 饰）因一时大意，竟然遗失了装有重要机密图纸的公文包。事情传到公安局后，丁局长（邢吉田 饰）立刻决定将此任务交给在医院复健的侦查员石云（田华 饰）。石云迅速展开调查，期间注意到了老中医古仲儒（刘季云 饰）的一些可疑举动。与此同时，石云的丈夫陈亮（王心刚 饰）是一名军区的保卫干事，他受上级指派，与演奏家方莉（师伟 饰）建立联系。经过多方调查，石云锁定了厨师叶长谦（李壬林 饰）为重要嫌疑人，尽管叶长谦矢口否认并试图销毁证据，但在石云的干预下，真相逐渐浮出水面。最终，调查揭示古仲儒是背后的操控者，而方莉则是他的同盟。在方莉以姐姐生病为借口前往深圳的计划中，行动的时机终于成熟了……这部影片将悬疑与推理结合，展开了一场关于信任与背叛的精彩较量。情节紧凑，人物关系错综复杂，尤其是石云的智慧与毅力令人钦佩，展现了侦探在危机中保持冷静和决策的非凡能力。影片不仅回顾了旧社会的复杂人际关系，也传达了正义必将战胜邪恶的信念。